科室介绍
中医院始建于年,是集肿瘤医疗、教学、科研为一体的医院。该院病理科是建院时首批临床独立建制科室之一。经过数十年的发展和积累,具备完善的病理诊断和治疗保证体系。
隶属病理科的分子病理诊断组,最早建立于二十世纪90年代,包含免疫组化和分子病理两大块业务。分子病理室至今可成熟完成60多个检测项目,累计年检测量近万例。运行以来获得国内外诸多认证、认可,年以来免疫组化和分子病理检测进入国际认可行列,测评符合率为%;获得国家卫生计生委病理质控中心认证;年临床基因扩增实验室获得北京市卫生计生委认证。年获批卫生计生委高通量基因检测技术临床应用试点单位。
首批卫生计生委高通量基因测序试点单位
年4月,获批卫生计生委高通量基因测序试点单位,分子病理室根据现有条件对NGS平台设置进行了细致的调研、规划及专家论证、评审。实验室布局如下展示。
分子病理诊断组人员组成
主任医师1人、副研究员1人、助理研究员5人、住院医师1人、主管技师1人。在筹建高通量测序前期,分子病理诊断组各位成员积极参与了国内现有的相关培训,包括检验中心组织的临床基因扩增实验室技术人员培训班培训考核、诊断公司组织的BRCA培训班、NGS设备公司组织的NGS培训等。目前,在诊断科室内部已能完成从服务台接诊、档案调度及标本准备、标本评估及实验操作、结果判读及审核、报告签发这一系列完整流程。
BRCA1/2基因突变检测
为了给患者和临床医生提供可靠的BRCA基因检测结果,分子病理室在前期预实验中运用LifeTechnologies的IonTorrent二代测序平台以及MLPA检测,测序后结果经过Sanger测序验证,预实验结果达到为临床患者提供检测的标准,于年5月正式面向临床开展BRCA1/2基因检测服务。现有BRCA1/2基因检测平台由IonTorrent二代测序平台和ABIxl一代测序平台组成。
可接收的标本类型
唾液(需要专门唾液采集管,收集2ml即可)或血液(EDTA抗凝管,4ml),以及肿瘤组织(需病理形态学评估)。
BRCA1/2基因检测流程
在该院分子病理诊断组完成BRCA1/2检测全流程如下,从标本接收到出具诊断报告需要15个工作日左右。
对于NGS检测阳性的结果会使用Sanger测序再次验证,结果一致方可出具检测报告。同时为了弥补NGS法在检测BRCA1/2基因大片段缺失插入突变及外显子水平拷贝数变异上的不足,科室会采用MLPA(MultiplexLigation-dependentProbeAmplification)法进行补充。
每个标准环节耗时如表所示:
环节
周期(工作日)
标本接收
1
DNA提取及检测
1
建库
1
质控
1
上机测序
1
数据质控+信息分析
1
遗传分析
1
阳性样本Sanger测序验证
4
阴性样本进行MLPA检测
2
测序结果解读及报告撰写
1
上级医师审核报告及签发
1
总周期
15
BRCA1/2基因检测相关的各种规范单据
检测申请单:
知情同意书:
临床标本登记表:
严谨的质控
二代测序流程质控
样本质控:Nanodrop检测/,Qubit检测DNA质量。
文库质控:Real-timePCR检测文库PCR产物质量。
上机前质控:测序环境:22±3°C;仪器清洗及自检。
测序中质控:ISPLoading在70%以上,UsableReads在50%以上,LiveISPs及LibraryISPs在90%以上。
测序后质控:Polyclonal在20%-35%,LowQuality在10%以下,TestFragments在1%-2%,平均测序深度大于×,片段大小大于bp,TF-c(检测PGM或S5)和TF-1(检测One-touch或Chef)大于90%。
Sanger测序对比质控:对阳性位点用Sanger测序方法(金标准)进行比对。
数据解读质控
依据年ACMG指南确定BRCA基因突变致病性临床意义
BIC数据库作为判定BRCA基因突变临床意义参考依据(北京哪里白癜风看的好北京白癜风治疗最好医院电话
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